液相色谱-质谱联用（LC-MS）与液相二级质谱（LC-MS-MS）都是实验室中极为精密的检测仪器，二者在外观和基本原理上存在诸多相似之处，但它们在实际应用中又有着显著的区别。

LC-MS通过采集质谱得到总离子色谱图。当采用电喷雾这种软电离源时，通常很少或没有碎片，谱图中只有准分子离子，因而只能提供未知化合物的分子量信息，无法提供结构信息，很难用来做定性分析，但可以用来定量分析。然而，如果单级MS使用像EI之类的电离源，就会产生碎片峰，从而可以提供分子结构信息。而LC-MS/MS采用串联质谱，既能得到分子离子峰，又有碎片离子峰，因而可以用来进行定性和定量分析。

质谱的突出特点是它本身具有质量信息，可以靠这个质量信息定性或提供定性的一些依据（但还需要其他一些定性仪器配合）。质谱本身也有一个分离作用，即按照质量的分离。如果液相分离了一次，那么LC-MS就分离了两次，而LC-MS/MS就分离了三次，LC-MS3就分离了四次……（3级以上是离子阱质谱的特点）。

LC-MS和LC-MS/MS（或MSn）的区别在于，如果你关心的结果是样品中的主成分，且是你已经知道的目标物，例如质控、有机合成后查看纯品、部分的农药全分析工作、药物合成中前导化合物的指导（合成一锅就打一针看看合成得对不对）等，都可以用LC-MS。因为LC-MS成本较低，操作也较为简单。即使有些东西液相没分开，但只要你关心的是主成分，影响都不大。通过调整液相条件，或做完扫描图直接看提取离子图，或做SIM都可以。在这些领域使用LC-MS/MS则是大材小用，花费这么多钱是浪费。而如果你关心的结果是未知的东西，打一针LC-MS无法定性，需要更多的碎片信息；或者是混合物中的痕量成分，那你必须使用LC-MS/MS。LC-MS/MS可以给出更多的碎片信息，帮助你定性；可以降低背景噪音，让痕量组分的谱图不受丰量物质的干扰；可以大幅提高化合物的灵敏度，使定量结果更准确。

1.问题与方法

在使用三重四级杆LC-MS/MS定量分析目标物时，如果没有标准品，内标法该如何操作呢？

如果没有待测物标准品，就无法建立和优化MRM扫描的质谱参数，只能使用FULL SCAN或SIM的扫描方法。同时，没有待测物标准品，也无法准确得到待测物在LC上的保留时间。如果样品中有与待测物相似质量数的化合物，得到的色谱峰就不会很纯净，会对判定哪个是待测化合物产生干扰。

方法二：如果没有标准品，可以只用面积相对定量。然后选用LC-MS/MS的SIM模式（当样品杂质比较少时，选择同位素丰度为100%的分子量，上下增减0.2）。如果考察因素导致的量的改变比较微量，可以选择一种物质为回收率指示物（在反应液前处理前加入），一种物质为内标物（前处理后、液相小瓶中进样测试前，在待测样品中加入定量的内标物，然后进行测试）。

1. 定量方法与图谱作用

LC-MS可以进行定量分析。在液质联用中，质谱跑出来的图谱用于定性分析，而色谱本身配置的紫外检测器跑出来的图谱则用于定量分析。但在有紫外吸收的干扰峰时，定量就不准确了。

2.扫描方式与应用选择

液质联用有SIM和全扫描两种方式。在药物代谢动力学试验中，尤其是在对体内药物分析时，一般使用LC-MS/MS进行定量分析，而不是LC-MS。这是因为质谱定量分析中，使用LC-MS/MS更为准确。通过查看质荷比，可以推测分子量。而UV虽然也可以用来定量，但在有干扰峰时，定量就不准确了。LC-MS/MS使用母离子/子离子来进行定量，相对来说，干扰要少得多，也比较准确，在PK/TK的应用很广泛。

1.定量模式与内标选择

如果你想用LC-Q-TOF-MS来做代谢组学，因为样品是体液含有多种化合物，想加入内标后先进行一个相对的定量来判断含量发生变化的化合物，那么可以使用LC-MS-MS定量分析的SIM或MRM模式。其中，MRM模式更为准确。SIM使用Q选择性的滤过选中的分子量，但由于分子量相同的化合物很多，所以如果样品稍微复杂的话，SIM基本不合适。而MRM选择母离子和子离子，使用Q过滤母离子，q轰击母离子，TOF过滤子离子，使子离子被检测器检测到。这样，即使分子量相同，轰击后产生的子离子不一样的干扰离子就被排除了，因此MRM模式是更为可靠的LC-MS定量分析方法。

2.内标选择原则与定量流程

内标的选择原理是结构基本和待测化合物类似。结构相同或类似，主要是为了满足被离子化的效率与样品类似。这也是为什么很多都选择使用该化合物或此类化合物的氘代化合物。内标的选择还要求其分子量与待测物质不重合（还需要尽量避开化合物的isotopic peak的m/z），并且可以和待测物质分开。如果使用MRM，样品被分开的话，那么理论上来说总离子流图上的每个峰都是代表一种物质。同时使用MRM模式，如果样品们的分子量与子离子不重叠，那么，即使在柱子中不被分开的化合物，也可以认为在MS中被分开了。